The invention provides criteria and methods for selecting optimum
subsequence(s) from a target gene for targeting by a zinc finger protein.
Some of the methods of target site selection seek to identify one or more
target segments having a DNA motif containing one or more so-called D-able
subsites having the sequence 5'NNGK3'. Other methods of the invention are
directed to selection of target segments within target genes using a
correspondence regime between different triplets of three bases and the
three possible positions of a triplet within a nine-base site. In another
aspect, the invention provides methods of designing zinc finger proteins
that bind to a preselected target site. These methods can be used
following the preselection of target sites according to the procedures and
criteria described above. The methods of design use a database containing
information about previously characterized zinc finger proteins.
A invenção fornece critérios e métodos selecionando o subsequence(s) o melhor de um gene do alvo para alvejar por uma proteína do dedo do zinco. Alguns dos métodos da busca da seleção de local do alvo para identificar um ou mais segmento do alvo que tem um motif do DNA conter um ou mais subsites D-capaz so-called que tem a seqüência 5'NNGK3 '. Outros métodos da invenção são dirigidos à seleção de segmentos do alvo dentro dos genes do alvo usando um regime da correspondência entre triplets diferentes de três bases e as três posições possíveis de um triplet dentro de um local da nove-base. Em um outro aspecto, a invenção fornece métodos de projetar as proteínas do dedo do zinco que ligam a um local preselected do alvo. Estes métodos podem ser usados depois do preselection de locais do alvo de acordo com os procedimentos e os critérios descritos acima. Os métodos do projeto usam uma base de dados que contem a informação sobre proteínas previamente caracterizadas do dedo do zinco.
