A computerized method is described for assembling DNA sequence determined for small DNA fragments, called fragment reads, into larger fragments of DNA sequence called contigs. The method used makes a table of occurrences or counts for each mer appearing in any of the fragment reads and then picks from among those mers specific mers to use as mer tags. Following checking, the mer tags are used to assemble fragment reads into contigs. A feature of this method is that the processing time necessary to perform this process on a computer varies linearly with the number of fragment reads rather than with the square or cube of the number of fragment reads.

Une méthode automatisée est décrite pour assembler l'ordre d'ADN déterminé pour de petits fragments d'ADN, appelé fragment lit, dans de plus grands fragments des contigs appelés par ordre d'ADN. La méthode employée fait une table des occurrences ou les comptes pour chaque mer apparaissant dans n'importe lequel de ce fragment lit et puis sélectionne de parmi ces mers spécifiques de mers pour employer comme étiquettes de mer. La vérification suivante, les étiquettes de mer sont employées pour assembler le fragment lit dans des contigs. Un dispositif de cette méthode est que la durée de la transformation nécessaire pour effectuer ce processus sur un ordinateur change linéairement avec le nombre de fragment lit plutôt qu'avec la place ou le cube du nombre de fragment lit.