Disclosed are compositions and a method for detecting single nucleic acid molecules using rolling circle amplification (RCA) of single-stranded circular templates, referred to as amplification target circles, primed by immobilized primers. In one form of the method, referred to as a bipartite primer rolling circle amplification, (BP-RCA), RCA of the amplification target circle (ATC) depends on the formation of a primer by target-mediated ligation. In the presence of a nucleic acid molecule having the target sequence, a probe and a combination probe/primer oligonucleotide can hybridize to adjacent sites on the target sequence allowing the probes to be ligated together. By attaching the first probe to a substrate such as a bead or glass slide, unligated probe/primer can be removed after ligation. The only primers remaining will be primers ligated, via the probe portion of the probe/primer, to the first probe. The ligated primer can then be used to prime replication of its cognate ATC. In this way, an ATC will only be replicated if the target sequence (to which its cognate probe/primer is complementary) is present. BP-RCA is useful, for example, for determining which target sequences are present in a nucleic acid sample, or for determining which samples contain a target sequence. In another form of the method, referred to as immobilized primer rolling circle amplification (IP-RCA), RCA of the ATC depends on incorporation of a target sequence in the ATC during its formation. If the target sequence has been incorporated, a primer that can hybridize to the sequence will prime RCA of the ATC. This form of the method is useful for determining which form or forms of a variable sequence are present in a nucleic acid sample.

Показаны составы и метод для обнаруживать одиночные молекулы нуклеиновой кислоты использующ амплификацию круга завальцовки (RCA), котор одиночн-seli на мель круговых шаблонов, названное круги цели амплификации, воспламененные лишенными подвижности праймерами. В одной форме метода, названной bipartite амплификация круга завальцовки праймера, (BP-RCA), RCA круга цели амплификации (atc) зависит на образовании праймера цел-posrednicanno1 перешнуровкой. In the presence of молекула нуклеиновой кислоты имея последовательность цели, зонд и олигонуклеотид комбинации probe/primer могут гибридизировать к смежным местам на последовательности цели позволяющ зонды быть перевязанным совместно. Путем прикреплять первый зонд к субстрату such as шарик или стеклянное скольжение, unligated probe/primer смогите извлечься после перешнуровки. Единственные праймеры остающиеся будут праймерами перевязанными, через часть зонда probe/primer, к первому зонду. Перевязанный праймер можно после этого использовать для того чтобы воспламенить репликацию своего cognate atc. В этой дороге, скопируют atc только если последовательность цели (к свое cognate probe/primer комплементарно) присутствует. BP-RCA полезно, например, для обусловливать которые последовательности цели присутствуют в образце нуклеиновой кислоты, или для обусловливать которые образцы содержат последовательность цели. В другой форме метода, названной лишенная подвижности более primer амплификация круга завальцовки (IP-RCA), RCA atc зависит на внесении последовательности цели в atc во время своего образования. Если последовательность цели была включена, то праймер который может гибридизировать к последовательности воспламенит RCA atc. Эта форма метода полезна для обусловливать которые форма или формы переменной последовательности присутствуют в образце нуклеиновой кислоты.