The present invention is directed toward nucleic-acid based methodologies for the detection of human immunodeficiency virus (HIV) nucleic acids in a sample. A novel HIV-1 isolate, designated MVP5180/91, was isolated from a West African Cameroonian patient with immunodeficiency. Nucleic acid and amino acid sequence comparisons of this isolate, with other HIV-1 strains of subtypes A-E and HIV-2 isolates, demonstrated that this virus shares only limited homology with other known HIV-1 and -2 isolates. However, this virus does display some genetic relatedness to another Cameroonian isolate designated ANT-70. These viruses form the basis for a new HIV-1 group which has been designated subtype O. An immunologically important epitope, corresponding to amino acids 601-623 of the MVP5180/91 transmembrane envelope glycoprotein, was identified. Labeled nucleic acids can be prepared from the nucleotide sequence encoding this region and employed in standard hybridization assays to detect HIV-1 nucleic acids. Alternatively, oligonucleotide primers can also be prepared from this region and employed in polymerase chain reaction (PCR) assays to detect viral-specific nucleic acids.

La presente invenzione è orientata verso le metodologie basate nucleico-acido per la rilevazione degli acidi nucleici umani del virus di immunodeficiency (HIV) in un campione. Un isolato del romanzo HIV-1, indicato MVP5180/91, è stato isolato da un paziente cameroonian africano ad ovest con immunodeficiency. I confronti di sequenza dell'amminoacido e dell'acido nucleico di questo isolato, con altri sforzi HIV-1 degli isolati A-E e HIV-2 di sottotipi, hanno dimostrato che questo virus ripartisce soltanto l'omologia limitata con l'altro HIV-1 conosciuto e -2 isolati. Tuttavia, questo virus visualizza un certo relatedness genetico ad un altro isolato cameroonian indicato ANT-70. Questi virus costituiscono la base per un nuovo gruppo HIV-1 che è stato indicato sottotipo O. Un epitope immunologicamente importante, corrispondente agli amminoacidi 601-623 della glicoproteina della busta del transmembrane MVP5180/91, è stato identificato. Gli acidi nucleici identificati possono essere preparati dalla sequenza del nucleotide che mette questa regione in codice ed essere impiegati nelle analisi standard di ibridazione per rilevare gli acidi nucleici HIV-1. Alternativamente, gli iniettori del oligonucleotide possono anche essere preparati da questa regione ed essere impiegati nelle analisi di reazione a catena della polimerasi (PCR) per rilevare gli acidi nucleici di viral-specifico.