A method for constructing a potentially pharmaceutically useful molecule that displays a predefined pharmacophore associated with a desired biological activity is disclosed. The pharmacophore is first used to screen a virtual library of scaffolds, described by three-dimensional coordinates, in order to identify one or more scaffold(s) which could potentially display substituents that alone or together with scaffold atoms comprise a pharmacophore. The screening process involves first placing rotamers from a virtual library of substituents onto each attachment point of each scaffold, and then examining the resultant Virtual Combinatorial Library (VCL) according to one or more parameters required by the pharmacophore. Preferably, the VCLs are filtered with a series of filters of increasing complexity, in order to eliminate those scaffolds incompatible with the pharmacophore of choice and to identify scaffolds which could display substituents compatible with the pharmacophore, as well the corresponding substituent rotamers themselves. The compatible scaffolds and corresponding substituents are combined to represent one or more molecule or molecules containing the desired pharmacophore. Thus, the method of the present invention is able to efficiently screen very large numbers of molecular entities for the presence of a desired pharmacophore.

Eine Methode für das Konstruieren eines möglicherweise pharmazeutisch nützlichen Moleküls, das einen vorbestimmten Pharmacophore anzeigt, der mit einer gewünschten biologischen Tätigkeit verbunden ist, wird freigegeben. Der Pharmacophore wird zuerst benutzt, um eine virtuelle Bibliothek der Gestelle auszusortieren, beschrieben durch dreidimensionale Koordinaten, um ein oder mehr scaffold(s) zu kennzeichnen, das Substituenten möglicherweise anzeigen könnte, denen alleine oder zusammen mit Gestellatomen einen Pharmacophore enthalten Sie. Der Siebungprozeß bezieht, rotamers von einer virtuellen Bibliothek der Substituenten auf jeden Befestigungspunkt jedes Gestells zuerst zu setzen, und die mit ein resultierende virtuelle kombinatorische Bibliothek (VCL) entsprechend einem oder mehr Parametern dann zu überprüfen, die durch den Pharmacophore erfordert werden. Vorzugsweise werden die VCLs mit einer Reihe Filtern der zunehmenden Kompliziertheit, um jene Gestelle zu beseitigen gefiltert, die mit dem Pharmacophore der Wahl und Gestelle, die inkompatibel sind die Substituenten anzeigen konnten, die mit dem Pharmacophore kompatibel sind, außerdem die entsprechenden Substituent rotamers selbst zu kennzeichnen. Die kompatiblen Gestelle und die entsprechenden Substituenten werden kombiniert, um ein oder mehr Molekül oder Moleküle darzustellen, die den gewünschten Pharmacophore enthalten. SoIST die Methode der anwesenden Erfindung in der Lage, viele molekulare Wesen für das Vorhandensein eines gewünschten Pharmacophore leistungsfähig sehr auszusortieren.