The present invention provides a simplified method for identifying differences in nucleic acid abundances (e.g., expression levels) between two or more samples. The methods involve providing an array containing a large number (e.g. greater than 1,000) of arbitrarily selected different oligonucleotide probes where the sequence and location of each different probe is known. Nucleic acid samples (e.g. mRNA) from two or more samples are hybridized to the probe arrays and the pattern of hybridization is detected. Differences in the hybridization patterns between the samples indicates differences in expression of various genes between those samples. This invention also provides a method of end-labeling a nucleic acid. In one embodiment, the method involves providing a nucleic acid, providing a labeled oligonucleotide and then enzymatically ligating the oligonucleotide to the nucleic acid. Thus, for example, where the nucleic acid is an RNA, a labeled oligoribonucleotide can be ligated using an RNA ligase. In another embodiment, the end labeling can be accomplished by providing a nucleic acid, providing labeled nucleoside triphosphates, and attaching the nucleoside triphosphates to the nucleic acid using a terminal transferase.

Η παρούσα εφεύρεση παρέχει μια απλουστευμένη μέθοδο για τις διαφορές στις αφθονίες νουκλεϊνικού οξέος (π.χ., επίπεδα έκφρασης) μεταξύ δύο ή περισσότερων δειγμάτων. Οι μέθοδοι περιλαμβάνουν την παροχή μιας σειράς που περιέχει έναν μεγάλο αριθμό (π.χ. μεγαλύτερος από 1,000) των αυθαίρετα επιλεγμένων διαφορετικών oligonucleotide ελέγχων όπου η ακολουθία και η θέση κάθε διαφορετικού ελέγχου είναι γνωστές. Τα δείγματα νουκλεϊνικού οξέος (π.χ. mRNA) από δύο ή περισσότερα δείγματα υβριδοποιούνται στις σειρές ελέγχων και το σχέδιο της υβριδοποίησης ανιχνεύεται. Οι διαφορές στα σχέδια υβριδοποίησης μεταξύ των δειγμάτων δείχνουν τις διαφορές στην έκφραση των διάφορων γονιδίων μεταξύ εκείνων των δειγμάτων. Αυτή η εφεύρεση παρέχει επίσης μια μέθοδο του τέλους του ένα νουκλεϊνικό οξύ. Σε μια ενσωμάτωση, η μέθοδος περιλαμβάνει την παροχή ενός νουκλεϊνικού οξέος, την παροχή επονομαζόμενου oligonucleotide και έπειτα enzymatically την επίδεση oligonucleotide στο νουκλεϊνικό οξύ. Κατά συνέπεια, παραδείγματος χάριν, όπου το νουκλεϊνικό οξύ είναι ένα RNA, ένα επονομαζόμενο oligoribonucleotide μπορεί να επιδεθεί χρησιμοποιώντας ligase RNA. Σε μια άλλη ενσωμάτωση, το μαρκάρισμα τελών μπορεί να ολοκληρωθεί με την παροχή ενός νουκλεϊνικού οξέος, την παροχή των επονομαζόμενων τριφωσφορικών αλάτων νουκλεοζιτών, και την ένωση των τριφωσφορικών αλάτων νουκλεοζιτών με το νουκλεϊνικό οξύ χρησιμοποιώντας τελικό transferase.