Methods are disclosed for identifying an RNA fragment that mimics the structure of a defined or undefined target RNA molecule to which a compound binds inside of a cell resulting in retardation of cell growth or cell death. Methods using these RNA fragments for identifying unknown compounds of pharmaceutical interest, and for identifying unknown RNA targets for use in treating disease are disclosed. These methods and compositions are used in screening for novel antibiotics, bacteriostatics, or modifications thereof or for identifying compounds useful to alter expression levels of proteins encoded by mRNA. The methods involve providing random DNA fragments from DNA which encodes RNA target molecules, cloning such fragments to create a plasmid library of same; transfecting cells which contain the native RNA target molecule with the plasmid library and exposing the cells to one or more of test compounds. Cells transfected with an RNA fragment that mimics the target molecule will survive in culture, and cells transfected with fragments which do not mimic the molecule will suffer defects in growth. The mimicking RNA fragment is isolated and provides structural information about the target. The fragment and the information derived from it are then used to screen or design binding compounds.

Los métodos se divulgan para identificar un fragmento del RNA que mímico la estructura de un haber definido o la molécula indefinida del RNA de la blanco a la cual un compuesto ata dentro de una célula dando por resultado el retraso del crecimiento de la célula o de la muerte de la célula. Se divulgan los métodos usando estos fragmentos del RNA para identificar compuestos desconocidos del interés farmacéutico, y para identificar las blancos desconocidas del RNA para el uso en enfermedad que trata. Estos métodos y composiciones se utilizan en defender para los antibióticos, el bacteriostatics, o las modificaciones de la novela de eso o para identificar los compuestos útiles para alterar niveles de la expresión de las proteínas codificadas por mRNA. Los métodos implican el proporcionar de fragmentos al azar de la DNA de la DNA que codifica las moléculas de la blanco del RNA, reproduciendo tales fragmentos para crear una biblioteca del plasmid iguales; transfecting las células que contienen la molécula nativa de la blanco del RNA con la biblioteca y exponer del plasmid las células a una o más de la prueba compone. Las células transfected con un fragmento del RNA que mímico la molécula de la blanco sobrevivirá en cultura, y las células transfected con los fragmentos que no mímico la molécula sufrirán defectos en crecimiento. El fragmento mímico del RNA se aísla y proporciona la información estructural sobre la blanco. El fragmento y la información derivados de él entonces se utilizan para defender o para diseñar compuestos del atascamiento.