The present invention presents methods for gene expression monitoring that utilize microelectronic arrays to drive the transport and hybridization of nucleic acids. Procedures are described for generating mRNA expression samples for use in these methods from populations of cells, tissues, or other biological source materials, that may differ in their physiological and/or pathological state. Provided in the invention are methods for generating a reusable nucleic acid transcript library from mRNA in a sample of biological material. In order to improve gene expression monitoring on the microelectronic arrays, the transcripts are amplified to produce sample nucleic acid amplicons of a defined length. Because multiple sample amplicons may be selectively hybridized to controlled sites in the electronic array, the gene expression profiles of the polynucleotide populations from different sources can be directly compared in an array format using electronic hybridization methodologies. Also provided in the invention are methods for detecting the level of sample amplicons using electronically assisted primer extension detection, and utilizing individual test site hybridization controls. The hybridization data collected utilizing the improved methods of the present invention will allow the correlation of changes in mRNA level with the corresponding expression of the encoded protein in the biological source material, and thus aid in studying the role of gene expression in disease.

Los métodos de presentes de la invención del presente para la supervisión de la expresión del gene que utilizan órdenes microelectrónicos para conducir el transporte y el hibridación de ácidos nucleic. Los procedimientos se describen para generar las muestras de la expresión del mRNA para el uso en estos métodos de poblaciones de células, de tejidos finos, o de otros materiales de fuente biológicos, que pueden diferenciar en su estado fisiológico y/o patológico. Se proporcionan en la invención los métodos para generar una biblioteca reutilizable de la transcripción del ácido nucleic del mRNA en una muestra del material biológico. Para mejorar la expresión del gene que supervisa en los órdenes microelectrónicos, las transcripciones se amplifican para producir amplicons del ácido nucleic de la muestra de una longitud definida. Porque los amplicons múltiples de la muestra se pueden cruzar por hibridacio'n selectivamente a los sitios controlados en el arsenal electrónico, los perfiles de la expresión del gene de las poblaciones del polynucleotide de diversas fuentes se pueden comparar directamente en un formato del arsenal usando metodologías electrónicas del hibridación. También se proporcionan en la invención los métodos para detectar el nivel de los amplicons de la muestra usando la detección superelegante electrónicamente asistida de la extensión, y utilizando controles del hibridación del sitio de prueba individual. Los datos del hibridación recogidos utilizando los métodos mejorados de la actual invención permitirán la correlación de cambios en nivel del mRNA con la expresión correspondiente de la proteína codificada en el material de fuente biológico, y la ayudan así en estudiar el papel de la expresión del gene en enfermedad.