A method of searching one or more ligand-candidate compounds to a target biopolymer from a three-dimensional structure database, which comprises the steps of: (i) the first step of assigning hydrogen-bonding category numbers, information for calculating force-field energy, and information for generating conformations to two or more trial compounds in addition to atomic three-dimensional coordinates thereof; (ii) the second step of preparing physicochemical information about a ligand-binding region and one or more dummy atoms based on the three-dimensional atomic coordinates of the target biopolymer;(iii) the third step of estimating the most stable docking structure, wherein said step further comprises the steps of examining possible docking structures by docking a trial compound to the biopolymer while varying conformations of the trial compound, evaluating interaction energies between the target biopolymer and the trial compound, and repeating structure optimization; (iv) the fourth step of deciding whether or not the trial compound should be adopted as a ligand-candidate compound based on given criteria including the interaction energy values between the target biopolymer and the trial compound in the most stable docking structure estimated according to the step (iii); and (v) the fifth step of repeating the step (iii) and the step (iv) for all of the trial compounds.

Un método de buscar unos o más compuestos del ligand-candidato a un biopolímero de la blanco de una base de datos tridimensional de la estructura, de la cual abarca los pasos: (i) el primer paso de asignar números de la categoría de la hidro'geno-vinculacio'n, la información para la energía calculadora del fuerza-campo, y la información para generar conformations a dos o más ensayos compone además de coordenadas tridimensionales atómicos de eso; (ii) el segundo paso de preparar la información fisicoquímica sobre una región ligand-que ata y unos o más átomos simulados basada en los coordenadas atómicos tridimensionales del biopolymer;(iii) de la blanco el tercer paso de estimar la estructura más estable del muelle, en donde el paso dicho más futuro abarca los pasos de examinar las estructuras posibles del muelle atracando un compuesto del ensayo al biopolímero mientras que varía conformations de las energías compuestas, de evaluaciones de ensayo de la interacción entre el biopolímero de la blanco y el compuesto de ensayo, y la repetición de la optimización de la estructura; (iv) el cuarto paso de decidir si o no el compuesto de ensayo se debe adoptar como compuesto del ligand-candidato basado en criterios dados incluyendo los valores de la energía de la interacción entre el biopolímero de la blanco y el compuesto del ensayo en la estructura más estable del muelle estimada según el paso (iii); y (v) el quinto paso de repetir el paso (iii) y el paso (iv) para todos los compuestos de ensayo.