The present invention is a method for accurately comparing the levels of cellular components, such as proteins, present in samples which differ in some respect from each other using mass spectroscopy and isotopic labeling. A first sample of biological matter, such as cells, is cultured in a first medium and a second sample of the same biological matter is cultured in a second medium, wherein at least one isotope in the second medium has a different abundance than the abundance of the same isotope in the first medium. One of the samples is modulated, such as by treatment with a bacteria, a virus, a drug, hormone, a chemical or an environmental stimulus. The samples are combined and at least one protein is removed. The removed protein is subjected to mass spectroscopy to develop a mass spectrum. A ratio is computed between the peak intensities of at least one closely spaced pair of peaks to determine the relative abundance of the protein in each sample. The protein is identified by the mass spectrum or through other techniques known in the art. Modifications to the proteins, such as the phosphorylation of the protein, and the site of the modification may also be determined through the process of the present invention. The method is applicable to the components of any type of biological matter which are ionizable and may therefore be analyzed by mass spectroscopy.

De onderhavige uitvinding is een methode om de niveaus van cellulaire componenten, zoals proteïnen, heden in steekproeven nauwkeurig te vergelijken die in wat opzicht van elkaar gebruikend de massaspectroscopie en isotopische etikettering verschillen. Een eerste steekproef van biologische kwestie, zoals cellen, is gecultiveerd in een eerste middel en een tweede steekproef van de zelfde biologische kwestie is gecultiveerd in een tweede middel, waarin minstens één isotoop in het tweede middel een verschillende overvloed dan de overvloed van de zelfde isotoop in het eerste middel heeft. Één van de steekproeven wordt gemoduleerd, zoals door behandeling met bacteriën, een virus, een drug, hormoon, een chemische of milieustimulus. De steekproeven worden gecombineerd en minstens één proteïne wordt verwijderd. De verwijderde proteïne wordt onderworpen aan de massaspectroscopie om een massaspectrum te ontwikkelen. Een verhouding wordt gegevens verwerkt tussen de piekintensiteit van minstens één dicht uit elkaar geplaatst paar pieken om de relatieve overvloed van de proteïne in elke steekproef te bepalen. De proteïne wordt door het massaspectrum of door andere technieken geïdentificeerd die in de art.wijzigingen worden gekend aan de proteïnen, zoals phosphorylation van de proteïne, en de plaats van de wijziging kan ook door het proces van de onderhavige uitvinding worden bepaald. De methode is van toepassing op de componenten van om het even welk type van biologische kwestie die ioniseerbaar zijn en daarom door de massaspectroscopie kunnen worden geanalyseerd.