This invention provides methods of monitoring the expression levels of a multiplicity of genes. The methods involve hybridizing a nucleic acid sample to a high density array of oligonucleotide probes where the high density array contains oligonucleotide probes complementary to subsequences of target nucleic acids in the nucleic acid sample. In one embodiment, the method involves providing a pool of target nucleic acids comprising RNA transcripts of one or more target genes, or nucleic acids derived from the RNA transcripts, hybridizing said pool of nucleic acids to an array of oligonucleotide probes immobilized on surface, where the array comprising more than 100 different oligonucleotides and each different oligonucleotide is localized in a predetermined region of the surface, the density of the different oligonucleotides is greater than about 60 different oligonucleotides per 1 cm.sup.2, and the olignucleotide probes are complementary to the RNA transcripts or nucleic acids derived from the RNA transcripts; and quantifying the hybridized nucleic acids in the array.

Questa invenzione fornisce i metodi di controllo dei livelli di espressione di una molteplicità di geni. I metodi coinvolgono ibridare un campione dell'acido nucleico ad un allineamento ad alta densità delle sonde del oligonucleotide in cui l'allineamento ad alta densità contiene le sonde del oligonucleotide complementari ai subsequences degli acidi nucleici dell'obiettivo nel campione dell'acido nucleico. In un incorporamento, il metodo coinvolge fornire uno stagno degli acidi nucleici dell'obiettivo che contengono le trascrizioni del RNA uno o più geni dell'obiettivo, o gli acidi nucleici derivati dalle trascrizioni del RNA, ibridanti lo stagno detto degli acidi nucleici ad un allineamento delle sonde del oligonucleotide immobilizzate su superficie, in cui l'allineamento che contiene più di 100 oligonucleotides differenti ed ogni oligonucleotide differente è localizzato in una regione predeterminata della superficie, la densità dei oligonucleotides differenti è più grandi di circa 60 oligonucleotides differenti per 1 cm.sup.2 e le sonde di olignucleotide sono complementari alle trascrizioni del RNA o agli acidi nucleici derivati dalle trascrizioni del RNA; e misurando gli acidi nucleici ibridati nell'allineamento.