Disclosed are oligomers that bind Ku protein. These oligomers are useful for inhibiting activation of DNA-PK, treating certain forms of autoimmune disease, detection and purification of Ku protein, and identification of proteins that interact with Ku protein. Preferably, the oligomers are composed of nucleotides, nucleotide analogs, or a combination. Most preferably, the oligomers are composed of ribonucleotides. Also disclosed is a method of inhibiting DNA repair, a method of identifying cellular proteins that interact with Ku protein, and a method of treating autoimmune disease in patients with anti-Ku antibodies. The disclosed oligomers can have several preferred features, either alone or in combination, in addition to Ku binding. One such feature, referred to herein as inhibition activity, is inhibition of DNA-PK kinase activity. Another preferred feature, referred to herein as aptamer motifs, is the presence of one or more of the base sequences GCUUUCCCANNNAC, A(A/C)AUGA, and AACUUCGA. These sequences--referred to herein as aptamer motif 1, aptamer motif 2, and aptamer motif 3, respectively--are associated with Ku binding capability. Another preferred feature, referred to herein as aptamer structure, is the presence of a structure similar to the structure shown in FIG. 6A. This structure has the general formula 5'-A-B-C-D-C'-E-A'-3', where A, B, C, D, C', E, and A' are components of the oligomer. In this structure, A and A' interact to form a stem structure, C and C' interact to form a stem structure, B and E make up a bulge region, and D is either a bulge or a loop. FIG. 6A depicts component D as a loop. Each of these preferred features (inhibition activity, aptamer motif, and aptamer structure) can be used either alone or in combination with one or both of the other characteristics.

Onthuld worden oligomers die proteïne Ku binden. Deze oligomers zijn nuttig om activering van DNA-PK, het behandelen van bepaalde vormen van auto-immune ziekte, opsporing en reiniging van proteïne Ku, en identificatie van proteïnen te remmen die met proteïne Ku in wisselwerking staan. Bij voorkeur, zijn oligomers samengesteld uit nucleotiden, nucleotideanalogons, of een combinatie. Het liefst, zijn oligomers samengesteld uit ribonucleotides. Ook onthuld wordt een methode om de reparatie van DNA, een methode te remmen om cellulaire proteïnen te identificeren die met proteïne Ku in wisselwerking staan, en een methode om auto-immune ziekte bij patiënten met antilichamen te behandelen anti-ku. Onthulde oligomers kunnen verscheidene aangewezen eigenschappen, of combinatie, naast band alleen of in hebben Ku. Één dergelijke eigenschap, die naar hierin als remmingsactiviteit wordt verwezen, is remming van DNA-PK kinaseactiviteit. Een andere aangewezen eigenschap, die naar hierin als aptamer motieven wordt verwezen, is de aanwezigheid van één of meer van de basisopeenvolgingen GCUUUCCCANNNAC, A(A/C)AUGA, en AACUUCGA. Deze opeenvolgingen -- die naar hierin als aptamer motief 1 worden verwezen, aptamer motief 2, en aptamer motief 3, respectievelijk -- worden geassocieerd met bindend vermogen Ku. Een andere aangewezen eigenschap, die naar hierin als aptamer structuur wordt verwezen, is de aanwezigheid van een structuur gelijkend op de structuur die in fig. 6A wordt getoond. Deze structuur heeft algemene formule 5'-a-B-c-D-c'-e-a'-3 ', waar A, B, C, D, C ', E, en A ' componenten van oligomer zijn. In deze structuur, werken A en A ' op elkaar in om een stamstructuur te vormen, werken C en C ' op elkaar in om een stamstructuur te vormen, maken B en E omhoog een zwellingsgebied, en D is of een zwelling of een lijn. Fig. 6A schildert component D als lijn af. Elk van deze aangewezen eigenschappen (remmingsactiviteit, aptamer motief, en aptamer structuur) kan of alleen of in combinatie met één of allebei van de andere kenmerken worden gebruikt.