An algorithm which detects tandem repeats (TR) is provided. In an illustrative embodiment, a set of repeating units contained in an input sequence is identified, wherein each given repeating unit satisfies at least the following conditions: (a) a first measure of similarity between adjacent repeating units in the set is greater than a first user defined threshold, and (b) the given repeating unit includes at least one unit having a second measure of similarity with any other unit in the set that is a greater than a second user defined threshold. The method then provides for reporting positions in the input sequence that are covered by the set of repeating units.

Een algoritme dat herhalingen achter elkaar (TR) ontdekt wordt verstrekt. In een illustratieve belichaming, wordt een reeks van het herhalen van eenheden in een inputopeenvolging geïdentificeerd, waarin elke bepaalde het herhalen eenheid minstens aan de volgende voorwaarden voldoet: (a) een eerste maatregel van gelijkenis tussen aangrenzende het herhalen eenheden in de reeks is groter dan een eerste gebruiker bepaalde drempel, en (b) de bepaalde het herhalen eenheid omvat minstens één eenheid die een tweede maatregel van gelijkenis met een andere eenheid heeft in de reeks die groter is dan een tweede gebruiker bepaalde drempel. De methode voorziet dan het melden van posities in de inputopeenvolging die door de reeks van het herhalen van eenheden worden behandeld.