The present invention provides methods for enhanced detection of biological response patterns. In one embodiment of the invention, genes are grouped into basis genesets according to the co-regulation of their expression. Expression of individual genes within a geneset is indicated with a single gene expression value for the geneset by a projection process. The expression values of genesets, rather than the expression of individual genes, are then used as the basis for comparison and detection of biological response with greatly enhanced sensitivity. In another embodiment of the invention, biological responses are grouped according to the similarity of their biological profile. The methods of the invention have many useful applications, particularly in the fields of drug development and discovery. For example, the methods of the invention may be used to compare biological responses with greatly enhanced sensitivity. The biological responses that may be compared according to these methods include responses to single perturbations, such as a biological response to a mutation or temperature change, as well as graded perturbations such as titration with a particular drug. The methods are also useful to identify cellular constituents, particularly genes, associated with a particular type of biological response. Further, the methods may also be used to identify perturbations, such as novel drugs or mutations, which effect one or more particular genesets. The methods may still further be used to remove experimental artifacts in biological response data.

Η παρούσα εφεύρεση παρέχει τις μεθόδους για την ενισχυμένη ανίχνευση των βιολογικών σχεδίων απάντησης. Σε μια ενσωμάτωση της εφεύρεσης, τα γονίδια ομαδοποιούνται στη βάση genesets σύμφωνα με το θορεγuλατηον της έκφρασής τους. Η έκφραση των μεμονωμένων γονιδίων μέσα σε ένα geneset υποδεικνύεται με μια ενιαία αξία έκφρασης γονιδίων για το geneset με μια διαδικασία προβολής. Οι τιμές έκφρασης των genesets, παρά την έκφραση των μεμονωμένων γονιδίων, χρησιμοποιούνται έπειτα ως βάση για τη σύγκριση και ανίχνευση της βιολογικής απάντησης με την πολύ ενισχυμένη ευαισθησία. Σε μια άλλη ενσωμάτωση της εφεύρεσης, οι βιολογικές απαντήσεις ομαδοποιούνται σύμφωνα με την ομοιότητα του βιολογικού σχεδιαγράμματός τους. Οι μέθοδοι της εφεύρεσης έχουν πολλές χρήσιμες εφαρμογές, ιδιαίτερα στους τομείς της ανάπτυξης και της ανακάλυψης φαρμάκων. Παραδείγματος χάριν, οι μέθοδοι της εφεύρεσης μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να συγκρίνουν τις βιολογικές απαντήσεις με την πολύ ενισχυμένη ευαισθησία. Οι βιολογικές απαντήσεις που μπορούν να συγκριθούν σύμφωνα με αυτές τις μεθόδους περιλαμβάνουν τις απαντήσεις στις ενιαίες διαταραχές, όπως μια βιολογική απάντηση σε μια αλλαγή μεταλλαγής ή θερμοκρασίας, καθώς επίσης και τις βαθμολογημένες διαταραχές όπως η τιτλοδότηση με ένα ιδιαίτερο φάρμακο. Οι μέθοδοι είναι επίσης χρήσιμες να προσδιορίσουν τα κυψελοειδή συστατικά, ιδιαίτερα γονίδια, που συνδέονται με έναν ιδιαίτερο τύπο βιολογικής απάντησης. Περαιτέρω, οι μέθοδοι μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για να προσδιορίσουν τις διαταραχές, όπως τα νέα φάρμακα ή οι μεταλλαγές, τα οποία επηρεάζουν ένα ή περισσότερα ιδιαίτερα genesets. Οι μέθοδοι μπορούν επιπλέον να χρησιμοποιηθούν για να αφαιρέσουν τα πειραματικά χειροποίητα αντικείμενα στα βιολογικά στοιχεία απάντησης.