A computer-implemented method for creating all-atom, real-space protein conformers. The method involves constructing a backbone structure of .alpha.-carbons of a protein from the amino acid sequence of the protein by adding and removing carbon atoms through chain elongation and backtracking. An atom is positioned based on a predicted two-dimensional space, and backtracking removes an atom if it is closer to its neighbour than allowed by van der Waals radii. The method also involves positioning .beta. carbons, C, N, and O atoms to provide favourable bond lengths and bond angles, and positioning sidechain rotamers.

Um método computador-executado para criar o todo-átomo, conformers da proteína do real-espaço. O método envolve construir uma estrutura da espinha dorsal dos alpha.-carbonos de uma proteína da seqüência do amino-ácido da proteína adicionando e removendo átomos de carbono com o elongation chain e backtracking. Um átomo é posicionado baseou em um espaço bidimensional predito, e o backtracking remove um átomo se for mais perto de seu vizinho do que permitido por raios de camionete der Waals. O método envolve também posicionar carbonos do beta., átomos de C, de N, e de O para fornecer comprimentos bond favoráveis e ângulos bond, e posicionar rotamers do sidechain.