Novel small molecule polyamides that specifically bind with subnanomolar affinity to a predetermined sequence with potential use in molecular biology and human medicine are described. The designed compounds which target the minor groove of B-form double helical DNA offer a general approach for the control of gene-expression. Simple rules are disclosed which provide for rational control of the DNA-binding sequence specificity of synthetic polyamides containing N-methylpyrrole and N-methylimidazole amino acids. A series of molecular templates for polyamide design are disclosed which provide for small molecules which recognize predetermined DNA sequences with affinities and specificities comparable to sequence-specific DNA-binding proteins. The pyrrole-imidazole polyamides described herein represent a class of designed small molecules that can bind any predetermined sequence of double helical DNA.

Se describen los polyamides pequeños de la molécula de la novela que atan específicamente con afinidad subnanomolar a una secuencia predeterminada con uso potencial en biología molecular y medicina humana. Los compuestos diseñados que apuntan el surco de menor importancia de la oferta helicoidal de la DNA del doble de la B-forma un acercamiento general para el control de la gene-expresio'n. Se divulgan las reglas simples que preven el control racional de la especificidad de la secuencia DNA-QUE ata de los polyamides sintéticos que contienen los aminoácidos de N-methylpyrrole y de N-methylimidazole. Una serie de plantillas moleculares para el diseño del polyamide se divulga que prevean las moléculas pequeñas que reconocen secuencias predeterminadas de la DNA con las afinidades y las especificidades comparables a las proteínas DNA-QUE atan secuencia-especi'ficas. Los polyamides del pyrrole-pyrrole-imidazole descritos adjunto representan una clase de las moléculas pequeñas diseñadas que pueden atar cualquier secuencia predeterminada de la DNA helicoidal doble.