The determination of base (nucleotide) composition in DNA by mass spectrometry is described. Accurate and efficient analyses of the enormous pool of DNA sequences are required for; (a) validation of DNA sequences; (b) comparison of a parent (known) sequence with a related (unknown) sequence, and (c) characterization of sequence polymorphisms in various genes especially those associated with genetically inherited human diseases. The combination of stable isotope-labeling of PCR products of target sequences with analysis of the mass shifts by mass spectrometry (MS) is shown to provide such analyses, since the mass-shift due to the labeling of a single type of nucleotide (i.e., A, T, G, or C) identifies the number of that type of nucleotide in a given DNA fragment. Accurate determinations of nucleotide compositions of DNA fragments have been achieved with an accuracy of .+-.0.03% with respect to their known sequences. The method has also been applied to identify a known single-nucleotide polymorphism (SNP). The comparisons of nucleotide compositions determined according to the teachings of the present method among homologous sequences are useful in sequence validation, sequence comparison, and characterizations of sequences polymorphisms.

De bepaling van basis (nucleotide) wordt samenstelling in DNA door massaspectrometrie beschreven. De nauwkeurige en efficiënte analyses van de enorme pool van de opeenvolgingen van DNA worden vereist voor; (a) bevestiging van de opeenvolgingen van DNA; (b) vergelijking van een ouder (gekende) opeenvolging met een verwante (onbekende) opeenvolging, en (c) karakterisering van opeenvolgingspolymorfisme in diverse genen vooral die verbonden aan genetisch geërfte menselijke ziekten. De combinatie van stabiele isotoop-etiketteert van PCR producten van doelopeenvolgingen met wordt analyse van de massaverschuivingen door massaspectrometrie (MS) getoond om dergelijke analyses, sinds de massa-verschuiving te verstrekken toe te schrijven aan de etikettering van één enkel type van nucleotide (d.w.z., identificeren A, T, G, of C) het aantal van dat type van nucleotide in een bepaald fragment van DNA. De nauwkeurige bepalingen van nucleotidesamenstellingen van zijn de fragmenten van DNA bereikt met een nauwkeurigheid van +-.0.03% met betrekking tot hun bekende opeenvolgingen. De methode is ook toegepast om een bekend enig-nucleotidepolymorfisme (SNP) te identificeren. De vergelijkingen van nucleotidesamenstellingen die volgens het onderwijs van de huidige methode onder homologe opeenvolgingen worden bepaald zijn nuttige de één na de ander bevestiging, opeenvolgingsvergelijking, en karakteriseringen van opeenvolgingenpolymorfisme.