A method and system for generating and searching a tree-structured index of window vectors that represent database sequences comprise a window vector generation module, a tree-structured index generation module, a query sequence partitioning module, and a retrieval component. The window vector generation module partitions a database sequence into a plurality of overlapping windows. Each window has a fixed length W comprising a fixed number of nucleotides, and the offset among windows is determined by a parameter .DELTA.. The window vector generation module then maps each database sequence window into a window vector. The database sequence window vector indicates the frequency of appearance of each k-tuple in the corresponding database sequence window. The tree-structured index generation module then generates a tree-structured index using the database sequence window vectors. The query sequence partitioning module partitions a query sequence into a plurality of windows and maps each query sequence window into a query sequence window vector. Each query sequence window vector is then compared against the tree-structured index to locate the database sequences that are similar to the query sequence. The list of database sequences that are similar to the query sequence is then returned as the result of the search.

Метод и система для производить и искать tree-structured индекс векторов окна представляют последовательности базы данных состоят из модуля поколения вектора окна, tree-structured модуля поколения индекса, последовательности query разделяя модуль, и компонента возвращения. Модуль поколения вектора окна разделяет последовательность базы данных в множественность перекрывая окон. Каждое окно имеет фикчированную длину ш состоять из установленное количество нуклеотидов, и смещение среди окон обусловлено DELTA. параметра. Модуль поколения вектора окна после этого составляет карту каждое окно последовательности базы данных в вектор окна. Вектор окна последовательности базы данных показывает частоту возникновения каждого к-k-tuple в соответствуя окне последовательности базы данных. Tree-structured модуль поколения индекса после этого производит tree-structured индекс использующ векторы окна последовательности базы данных. Последовательность query разделяя модуль разделяет последовательность query в множественность окон и составляет карту каждое окно последовательности query в вектор окна последовательности query. Каждый вектор окна последовательности query после этого сравнен против tree-structured индекса для того чтобы обнаружить местонахождение последовательности базы данных подобно к последовательности query. Перечень последовательности базы данных подобно к последовательности query после этого возвращен по мере того как результат поиска.