Systems and methods for generating indexes and fast searching of "approximate", "fuzzy", or "homologous" matches for a large quantity of data in a metric space are provided. The data is indexed to generate a search tree taxonomy. Once the index is generated, a query can be provided to report all hits within a certain neighborhood of the query. In an even faster implementation, the invention may be used together with existing approximate sequence comparison algorithms, such as FASTA and BLAST. Here, a local distance of a local metric space is used to generate local search tree branches. Applications of this invention may include homology search for DNA and/or protein sequences, textual or byte-based searches, literature search based on lists of keywords, and vector and matrix based indexing and searching.

De systemen en de methodes om indexen en snel het zoeken van "benaderend", "verward te produceren", of de "homologe" gelijken voor een grote hoeveelheid gegevens in een metrische ruimte worden verstrekt. Het gegeven wordt geïndexeerd om een taxonomie van de onderzoeksboom te produceren. Zodra de index wordt geproduceerd, kan een vraag worden verstrekt om alle klappen binnen een bepaalde buurt van de vraag te melden. In een nog snellere implementatie, kan de uitvinding samen met de bestaande benaderende algoritmen van de opeenvolgingsvergelijking, zoals FASTA en ONTPLOFFING worden gebruikt. Hier, wordt een lokale afstand van een lokale metrische ruimte gebruikt om de lokale takken van de onderzoeksboom te produceren. De toepassingen van deze uitvinding kunnen homologieonderzoek naar DNA en/of eiwitopeenvolgingen, tekstuele of op byte-gebaseerde onderzoeken, literatuuronderzoek die op lijsten van sleutelwoorden worden gebaseerd, en vector en matrijs het gebaseerde indexeren en zoeken omvatten.