Methods of identifying ligand binding sites in a target molecule such as a polynucleotide or polypeptide, as well as methods for determining whether a particular site in a target molecule is at or near the ligand binding site, are provided. Ligand binding affinities corresponding to both the target molecule and a modified version thereof are compared, preferably using mass spectral analysis. The modified molecules, or test molecules, incorporate a modification capable of modulating ligand binding affinity when located at or near the ligand binding sites. Binding site information is derived from the known position of the modification.

Οι μέθοδοι ligand τις περιοχές συνδέσεων σε ένα μόριο στόχων όπως polynucleotide ή polypeptide, καθώς επίσης και οι μέθοδοι για εάν μια ιδιαίτερη περιοχή σε ένα μόριο στόχων είναι επί ή κοντά του τόπου συνδέσεων ligand, παρέχονται. Οι δεσμευτικές συγγένειες Ligand που αντιστοιχούν και στο μόριο στόχων και σε μια τροποποιημένη έκδοση επ' αυτού συγκρίνονται, χρησιμοποιώντας κατά προτίμηση τη μαζική φασματική ανάλυση. Τα τροποποιημένα μόρια, ή τα μόρια δοκιμής, ενσωματώνουν μια τροποποίηση ικανή ligand τη δεσμευτική συγγένεια όταν βρίσκεται επί ή κοντά των τόπων συνδέσεων ligand. Οι πληροφορίες περιοχών συνδέσεων προέρχονται από τη γνωστή θέση της τροποποίησης.