An improved method allowing for rapid sensitive and standardized detection
of a target nucleic acid from a pathogenic microorganism or virus or
normal or abnormal gene in a sample is provided. The method involves
hybridizing a target nucleic acid to several non-overlapping
oligonucleotide probes that hybridize to adjacent regions in the target
nucleic acid, the probes being referred to capture/amplification probes
and amplifications probes, respectively, in the presence of paramagnetic
beads coated with a ligand binding moiety. Through the binding of a ligand
attached to one end of the capture/amplification probe and the specific
hybridization of portions of the probes to adjacent sequences in the
target nucleic acid, a complex comprising the target nucleic acid, the
probes and the paramagnetic beads is formed. The probes may then ligated
together to form a contiguous ligated amplification sequence bound to the
beads, which complex may be denatured to remove the target nucleic acid
and unligated probes. Alternatively, separate capture and amplification
probes may be used which form continuous full-length or circular probes,
and may be directly detected or amplified using a suitable amplification
technique, e.g., PCR, RAM or HSAM for detection. The detection of the
ligated amplification sequence, either directly or following amplification
of the ligated amplification sequence, indicates the presence of the
target nucleic acid in a sample. Methods for the detection of the ligated
amplification sequence, including hybridization signal amplification
method and ramification- extension amplification method, are also
provided.
Une méthode améliorée tenant compte de la détection sensible et normalisée rapide d'un acide nucléique de cible d'un micro-organisme ou un virus pathogène ou gène normal ou anormal dans un échantillon est fournie. La méthode implique d'hybrider un acide nucléique de cible à plusieurs sondes non-recouvertes d'oligonucléotide qui hybrident aux régions limitrophes dans l'acide nucléique de cible, les sondes étant capture/amplification visés sonde et les amplifications sonde, respectivement, en présence des perles paramagnétiques enduites d'une partie obligatoire de ligand. Par l'attache d'un ligand attaché à une extrémité de la sonde de capture/amplification et à l'hybridation spécifique des parties des sondes aux ordres adjacents dans l'acide nucléique de cible, un complexe comportant l'acide nucléique de cible, les sondes et les perles paramagnétiques est formé. Les sondes peuvent alors ligaturé ensemble pour former un ordre ligaturé contigu d'amplification lié aux perles, que le complexe peut être dénaturé pour éliminer l'acide nucléique de cible et unligated des sondes. Alternativement, séparez la capture et des sondes d'amplification peuvent être employées qui forment les sondes continues intégrales ou de circulaire, et peuvent être directement détectées ou amplifiées en utilisant une technique appropriée d'amplification, par exemple, PCR, RAM ou HSAM pour la détection. La détection de l'ordre ligaturé d'amplification, directement ou après l'amplification de l'ordre ligaturé d'amplification, indique la présence de l'acide nucléique de cible dans un échantillon. Des méthodes pour la détection de l'ordre ligaturé d'amplification, y compris la méthode d'amplification de signal d'hybridation et la méthode d'amplification de prolongation de ramification, sont également fournies.
