Disclosed herein is a reversible carbohydrate (glycan) trap, methods and
system for preparing the trap and use of the trap in preparing and
trapping glycans for the study of carbohydrate structure. The device and
methods assist in the structural characterization of glycans. The method
traps and purifies carbohydrate structures at improved sensitivities,
thereby enhancing the accuracy of a tissue or cell's complete carbohydrate
composition, the glycome, (vis-a-vis proteome). Most basically, the trap
device covalently binds activated glycosyl residues on a polymer
specifically prepared to contain aldehydic functional groups. The trap
material is formed from a carbohydrate polymer, preferably dextran, which
is oxidized with periodate to introduce aldehydic groups. The oxidized
dextran polymer is packable into separation colulmns or micro-tips for use
as the glycan trap. Glycans treated with hydrazine, to form glycosyl
hydrazyls, may then be added to the oxidized carbohydrate polymer, (ODP),
trap wherein they are covalently bound to the aldehyde groups of the trap.
To release the bound glycosyl hydrazyls, anhydrous hydmzine may be added
at approximately room temperatures, thereby releasing the glycans as
glycosylhydrazyls which may then be studied further.
Αποκαλυπτόμενη εν τω παρόντι είναι μια αντιστρέψιμη παγίδα, οι μέθοδοι και το σύστημα υδατανθράκων (glycan) για την παγίδα και τη χρήση της παγίδας να προετοιμαστούν και την παγίδευση glycans για τη μελέτη της δομής υδατανθράκων. Η συσκευή και οι μέθοδοι βοηθούν στο δομικό χαρακτηρισμό των glycans. Η μέθοδος παγιδεύει και καθαρίζει τις δομές υδατανθράκων στις βελτιωμένες ευαισθησίες, με αυτόν τον τρόπο ενισχύοντας την ακρίβεια μιας πλήρους σύνθεσης υδατανθράκων ιστού ή του κυττάρου, το glycome, (έναντι του proteome). Ο βασικότερα, η συσκευή παγίδων δεσμεύει covalently τα ενεργοποιημένα glycosyl υπολείμματα σε ένα πολυμερές σώμα που προετοιμάζεται συγκεκριμένα για να περιέχει τις αλδεϋδικές λειτουργικές ομάδες. Το υλικό παγίδων διαμορφώνεται από ένα πολυμερές σώμα υδατανθράκων, κατά προτίμηση dextran, το οποίο είναι οξειδωμένο με το periodate για να εισαγάγει τις αλδεϋδικές ομάδες. Το οξειδωμένο dextran πολυμερές σώμα είναι packable στο χωρισμό colulmns ή τις μικροϋπολογιστής-άκρες για τη χρήση ως glycan παγίδα. Το Glycans που αντιμετωπίζεται με την υδροζίνη, για να διαμορφώσει τα glycosyl hydrazyls, μπορεί έπειτα να προστεθεί στο οξειδωμένο πολυμερές σώμα υδατανθράκων, (ODP), παγίδα όπου είναι covalently συνδεδεμένα στις ομάδες αλδεϋ'δης της παγίδας. Για να απελευθερώσει τα συνδεδεμένα glycosyl hydrazyls, το άνυδρο hydmzine μπορεί να προστεθεί περίπου στις θερμοκρασίες δωματίου, με αυτόν τον τρόπο απελευθερώνοντας τα glycans ως glycosylhydrazyls που μπορούν έπειτα να μελετηθούν περαιτέρω.
