A set of 4,7-dichlororhodamine compounds useful as fluorescent dyes are
disclosed having the structures
##STR1##
wherein R.sub.1 -R.sub.6 are hydrogen, fluorine, chlorine, lower alkyl,
lower alkene, lower alkyne, sulfonate, sulfone, amino, amido, nitrile,
lower alkoxy, linking group, or, when taken together, R.sub.1 and R.sub.6
is benzo, or, when taken together, R.sub.4 and R.sub.5 is benzo; R.sub.7
-R.sub.10, R.sub.12 -R.sub.16 and R.sub.18 may be hydrogen, fluorine,
chlorine, lower alkyl, lower alkene, lower alkyne, sulfonate, sulfone,
amino, amido, nitrile, lower alkoxy, linking group; R.sub.11 and R.sub.17
may be hydrogen, lower alkyl, lower alkene, lower alkyne, phenyl, aryl,
linking group; Y.sub.1 -Y.sub.4 are hydrogen, lower alkyl, or cycloalkyl,
or, when taken together, Y.sub.1 and R.sub.2, Y.sub.2 and R.sub.1 Y.sub.3
and R.sub.3, and/or Y.sub.4 and R.sub.4 is propano, ethano, or substituted
forms thereof, and X.sub.1 -X.sub.3 taken separately are hydrogen,
chlorine, fluorine, lower alkyl, carboxylate, sulfonate, hydroxymethyl,
and linking group, or any combinations thereof In another aspect, the
invention includes reagents labeled with the 4,7-dichlororhodamine dye
compounds, including deoxynucleotides, dideoxynucleotides, and
polynucleotides. In an additional aspect, the invention includes methods
utilizing such dye compounds and reagents including dideoxy polynucleotide
sequencing and fragment analysis methods.
Un sistema de 4,7-dichlororhodamine compone útil mientras que se divulgan los tintes fluorescentes teniendo el ## del ## STR1 de las estructuras en donde R.sub.1 - R.sub.6 son hidrógeno, flúor, clorina, un alkyl más bajo, un alkene más bajo, un alkyne más bajo, sulfonate, sulfone, amino, amido, nitrile, un alkoxy más bajo, ligando a grupo, o, cuando está tomado junto, R.sub.1 y R.sub.6 es benzo, o, cuando está tomado junto, R.sub.4 y R.sub.5 es benzo; R.sub.7 - R.sub.10, R.sub.12 - R.sub.16 y R.sub.18 pueden ser hidrógeno, flúor, clorina, un alkyl más bajo, un alkene más bajo, un alkyne más bajo, sulfonate, sulfone, amino, amido, nitrile, un alkoxy más bajo, ligando a grupo; R.sub.11 y R.sub.17 pueden ser hidrógeno, un alkyl más bajo, un alkene más bajo, un alkyne más bajo, fenilo, aryl, ligando a grupo; Y.sub.1 - Y.sub.4 son hidrógeno, un alkyl más bajo, o cycloalkyl, o, cuando están tomados juntos, Y.sub.1 y R.sub.2, Y.sub.2 y R.sub.1 Y.sub.3 y R.sub.3, y/o Y.sub.4 y R.sub.4 es propano, ethano, o formas substituidas de eso, y X.sub.1 - X.sub.3 tomados por separado son hidrógeno, clorina, flúor, un alkyl más bajo, carboxylate, sulfonate, hidroximetílico, y ligando a grupo, o cualquier combinación de eso en otro aspecto, la invención incluye los reactivo etiquetados con los compuestos del tinte 4,7-dichlororhodamine, incluyendo deoxynucleotides, los dideoxynucleotides, y los polynucleotides. En un aspecto adicional, la invención incluye los métodos que utilizan tales compuestos y reactivo del tinte incluyendo métodos el ordenar del polynucleotide del dideoxy y del análisis del fragmento.
