An electron density for a crystallographic structure having protein regions
and solvent regions is improved by maximizing the log likelihood of a set
of structures factors {F.sub.h } using a local log-likelihood function:
LL(.rho.(x, {F.sub.h }))=ln[p(.rho.(x).vertline.PROT)p.sub.PROT
(x)+p(.rho.(x).vertline.SOLV)p.sub.SOLV (x)+p(.rho.(x).vertline.H)p.sub.H
(x)],
where p.sub.PROT (x) is the probability that x is in the protein region,
p(.rho.(x).vertline.PROT) is the conditional probability for .rho.(x)
given that x is in the protein region, and p.sub.SOLV (x) and
p(.rho.(x).vertline.SOLV) are the corresponding quantities for the solvent
region, p.sub.H (x) refers to the probability that there is a structural
motif at a known location, with a known orientation, in the vicinity of
the point x; and p(.rho.(x).vertline.H) is the probability distribution
for electron density at this point given that the structural motif
actually is present. One appropriate structural motif is a helical
structure within the crystallographic structure.
Une densité d'électron pour une structure cristallographique ayant des régions de protéine et des régions dissolvantes est améliorée en maximisant la probabilité de notation d'un ensemble de facteurs de structures {F.sub.h} employant une fonction locale de notation-probabilité : LL(.rho.(x, {F.sub.h}))=ln[p(.rho.(x).vertline.PROT)p.sub.PROT (x)+p(.rho.(x).vertline.SOLV)p.sub.SOLV (x)+p(.rho.(x).vertline.H)p.sub.H (x) ], où p.sub.PROT (x) est la probabilité que x est dans la région de protéine, p(.rho.(x).vertline.PROT) est la probabilité conditionnelle pour le rho.(x) étant donné que x est dans la région de protéine, et p.sub.SOLV (x) et p(.rho.(x).vertline.SOLV) sont les quantités correspondantes pour la région dissolvante, p.sub.H (x) se rapportent à la probabilité qu'il y a un motif structural à un endroit connu, avec une orientation connue, à proximité du point X ; et p(.rho.(x).vertline.H) est la distribution de probabilité pour la densité d'électron en ce moment étant donné que le motif structural est réellement présent. Un motif structural approprié est une structure hélicoïdale dans la structure cristallographique.
