A computer-based method for the identification of binding targets in
proteins and other macromolecules is provided. More particularly, the
invention includes an algorithm aimed at predicting binding targets in
proteins. This algorithm, named Woolford, requires knowledge of the high
resolution structure of the protein but no knowledge of the location or
identity of natural binding sites or ligands. Binding targets in the
protein are identified and classified according to their expected optimal
affinities. Binding targets can be located at the protein surface or at
internal surfaces that become exposed as a result of partial unfolding,
conformational changes, subunit dissociation, or other events. The entire
protein is mapped according to the binding potential of its constituent
atoms. Once binding targets are identified, optimal ligands are designed
and progressively built by the addition of individual atoms or chemical
groups that complement structurally and energetically the selected target.
This algorithm is expected to have significant applications in
structure-based drug design since it allows: 1) identification of binding
targets in proteins; 2) identification of additional targets if the
primary target is known; 3) design of ligand molecules with optimal
binding affinities for the selected target; and 4) refinement of lead
compounds by defining the location and nature of chemical groups for
optimal binding affinity.
Обеспечен computer-based метод для идентификации binding целей в протеинах и других макромолекулах. Определенно, вымысел вклюает алгоритм направленный на предсказывая binding цели в протеины. Этот названный алгоритм, Шоолфорд, не требует знания high resolution структуры протеина но никакого знания положения или тождественности естественных связующих сайтов или ligands. Binding цели в протеине определены и расклассифицированы согласно их предпологаемым оптимальным сродствам. Binding цели можно расположиться на поверхности протеина или на внутренне поверхностях будут, котор подвергли действию в результате частично unfolding, изменений conformational, разобщенности субблока, или других случаев. Весь протеин составлен карту согласно binding потенциалу своих составных атомов. Как только binding цели определены, оптимальные ligands конструированы и прогрессивно построены добавлением индивидуальных атомов или химически групп которые комплектуют структурно и напористо выбранная цель. Ы, что имеет этот алгоритм значительно применения в структур-osnovanno1 конструкции снадобья в виду того что он позволяет: 1) идентификация binding целей в протеинах; 2) идентификация дополнительных целей если основная мишень знана; 3) конструкция молекул ligand с оптимальными binding сродствами для выбранной цели; и 4) уточнение смесей руководства путем определять расположение и природу химически групп для оптимального binding сродства.
