Method and apparatus for mass spectrometric genotyping

   
   

Methods and equipment are provided for the mass spectrometric measurement of a large number of genotyping profiles, each formed by several tens to several hundreds of SNPs (single nucleotide polymorphisms). A multitude of chips each carrying an array of surface-bound oligonucleotide probes for mutations are synchronously processed. The chips are attached to plates such that they can be immersed in a multitude of wells with DNA samples requiring analysis while also serving directly as sample carriers in mass spectrometers. The multitude of wells can, for instance, take the form of microtitre plates. Primers may be used which possess a photolytically or chemically cleavable linker that bridges one base pair and does not hinder either the possibility of hybridization or enzymatic extension. Light or chemicals can then be used to cleave short chains particularly suitable for ionization by matrix assisted laser desorption and mass spectrometric analysis using time-of-flight mass spectrometers.

Des méthodes et l'équipement sont donnés pour la mesure spectrométrique de masse d'un grand nombre de profils genotyping, chacune constituée par plusieurs dix à plusieurs centaines de SNPs (polymorphismes simples de nucléotide). Une multitude de morceaux que chacun qui porte une rangée de surface-bondissez les sondes d'oligonucléotide pour des mutations sont synchroniquement traitées. Les morceaux sont fixés aux plats tels qu'ils peuvent être immergés dans une multitude de puits avec des échantillons d'ADN exigeant l'analyse tout en également servant directement de porteurs témoin dans des spectromètres de masse. La multitude de puits peut, par exemple, prendre la forme de plats de microtitre. Des amorces peuvent être utilisées qui possèdent l'éditeur de liens photolytically ou chimiquement cleavable qui des ponts une paire basse et ne gênent pas la possibilité d'hybridation ou la prolongation enzymatique. La lumière ou les produits chimiques peut alors être employée pour fendre les chaînes courtes particulièrement appropriées à l'ionisation par désorption de laser aidée par matrice et pour amasser l'analyse spectrométrique à l'aide des spectromètres de masse de temps-de-vol.

 
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