A method of analyzing DNA fragments separated electrophoretically is
presented. The method includes the use of an expert system that interprets
raw or preprocessed signal from the separation. The expert system can be
used for real-time base-calling, or applied offline after data acquisition
is complete. The expert system is directly applicable to all types of
electrophoretic separation used for DNA sequencing, i.e. slab gel,
capillary and microchip. Each lane of a multiplex system can consist of 1
to 4 (or even more) different fragment labels. The expert system may also
be used with other base-coding schemes, such as those in which more than
one base is labeled with a given dye, but the amount of label is different
for each base. When the presently disclosed method is applied to DNA
sequencing, the resulting interpretation comprises a DNA base sequence
with numerical confidences assigned to each base. By use of the presently
disclosed method the degree of automation of data processing in
high-throughput DNA sequencing is improved, as is the quality of the
results.
Un método de analizar los fragmentos de la DNA separados electrophoretically se presenta. El método incluye el uso de un sistema experto que interprete la señal cruda o preprocesado de la separación. El sistema experto se puede utilizar para base-llamar en tiempo real, o aplicado fuera de línea después de la adquisición de datos es completo. El sistema experto es directamente aplicable a todos los tipos de separación electrophoretic usados para la DNA que ordena, es decir gel de la losa, tubo capilar y microchip. Cada carril de un sistema múltiplex puede consistir en 1 a 4 (o aún más) diversas etiquetas del fragmento. El sistema experto se puede también utilizar con otros esquemas de la base-codificacio'n, tales como los en las cuales más de una base se etiquete con un tinte dado, pero la cantidad de etiqueta es diferente para cada base. Cuando el método actualmente divulgado se aplica a la DNA que ordena, la interpretación que resulta abarca una secuencia baja de la DNA con los confidences numéricos asignados a cada base. Por medio del método actualmente divulgado el grado de automatización de la informática en ordenar de la DNA del alto-rendimiento de procesamiento se mejora, al igual que la calidad de los resultados.
