The present invention provides a computer-assisted method for creating and
displaying a model of a molecule in which residues that are affected by
the binding of a ligand to the molecule are highlighted, making it
possible to trace the path of propagation of a binding signal through the
molecule. In order to carry out the method, the binding site determinants
of the molecule are determined and the binding constant for the ligand is
calculated. The states of a conformational ensemble that are binding
competent are identified, and the Gibbs energy and probability of each
state and the stability constant per residue of the molecule are
calculated in the presence and absence of the ligand. Those residues that
display a difference in stability constant in the presence vs absence of
ligand are those which are affected by the binding of the ligand.
A invenção atual fornece um método computer-assisted criando e indicando um modelo de uma molécula em que os resíduos que são afetados pelo emperramento de um ligand à molécula são destacados, fazendo o possível seguir o trajeto da propagação de um sinal obrigatório através da molécula. A fim realizar o método, as determinantes do local obrigatório da molécula são determinadas e o emperramento constante para o ligand é calculado. Os estados de um ensemble do conformational que são competentes obrigatório são identificados, e a energia de Gibbs e a probabilidade de cada estado e a estabilidade constante por o resíduo da molécula são calculados na presença e na ausência do ligand. Aqueles resíduos que indicam uma diferença na estabilidade constante na presença contra a ausência do ligand são aqueles que são afetadas pelo emperramento do ligand.
