This invention provides a method for protein structure alignment. More
particularly, the present invention provides a method for identification,
classification and prediction of protein structures. The present invention
involves two key ingredients. First, an energy or cost function
formulation of the problem simultaneously in terms of binary (Potts)
assignment variables and real-valued atomic coordinates. Second, a
minimization of the energy or cost function by an iterative method, where
in each iteration (1) a mean field method is employed for the assignment
variables and (2) exact rotation and/or translation of atomic coordinates
is performed, weighted with the corresponding assignment variables.
Cette invention fournit une méthode pour l'alignement de structure de protéine. Plus en particulier, la présente invention fournit une méthode pour l'identification, la classification et la prévision des structures de protéine. La présente invention implique deux ingrédients principaux. D'abord, une énergie ou une formulation de fonction de coût du problème simultanément en termes de variables binaires de tâche (de Potts) et coordonnées atomiques à valeurs réelles. En second lieu, une minimisation de l'énergie ou la fonction de coût par une méthode itérative, où dans chaque itération (1) une méthode moyenne de champ est utilisée pour les variables de tâche et (2) la rotation et/ou la traduction exactes des coordonnées atomiques est effectuée, a pesé avec les variables correspondantes de tâche.
