The invention provides a method for synthesizing oligonucleotides using carbonate protection of hydroxyl groups and nucleophilic deprotection reagents. The deprotection reagents irreversibly cleave the carbonate protecting groups while simultaneously oxidizing the intemucleotide phosphite triester linkage, and can be used in aqueous solution at neutral to mildly basic pH. The method eliminates the need for separate deprotection and oxidation steps, and, since the use of acid to remove protecting groups is unnecessary, acid-induced depurination is avoided. Fluorescent or other readily detectable carbonate protecting groups can be used, enabling monitoring of individual reaction steps during oligonucleotide synthesis. The invention is particularly useful in the highly parallel, microscale synthesis of oligonucleotides. Reagents and kits for carrying out the aforementioned method are provided as well.

L'invention fournit une méthode pour synthétiser des oligonucléotides en utilisant la protection de carbonate des groupes d'hydroxyle et des réactifs nucléophiles de deprotection. Les réactifs de deprotection fendent irréversiblement les groupes protecteurs de carbonate tout en simultanément oxydant la tringlerie de triester de phosphite d'intemucleotide, et peuvent être employés dans le soluté au neutre au pH modérément fondamental. La méthode élimine le besoin de deprotection séparé et l'oxydation fait un pas, et, puisque l'utilisation de l'acide d'enlever les groupes protecteurs est inutile, le depurination acide-induit est évité. Groupes protecteurs de carbonate fluorescent ou d'autres aisément discernable peuvent être employés, permettant la surveillance de différentes étapes de réaction pendant la synthèse d'oligonucléotide. L'invention est particulièrement utile dans fortement le parallèle, synthèse de micro-échelle des oligonucléotides. Des réactifs et les kits pour effectuer la méthode mentionnée ci-dessus sont aussi bien fournis.