The invention provides methods of analyzing a nucleic acid in a target sample for variant alleles. In such methods, a first-labelled control sample and a second-labelled target sample are hybridized to at least one set of probes. The control sample comprises a homozygous reference allele. The target sample comprises the homozygous reference allele, or variant alleles differing from the reference allele at a locus, or one variant allele differing from the reference allele at the locus and one reference allele. The probes in the probe set span the locus and are complementary to the reference allele. After hybridization the intensity of first and second label bound to each probe in the set is measured. This information is then used to indicate the presence of one variant allele and one reference allele, or the presence of two variant alleles in the target sample.

L'invenzione fornisce i metodi di analizzare un acido nucleico in un campione dell'obiettivo per gli alleli variabili. In tali metodi, un campione di controllo primo-identificato e un campione secondo-identificato dell'obiettivo sono ibridati almeno ad un insieme delle sonde. Il campione di controllo contiene un allele homozygous di riferimento. Il campione dell'obiettivo contiene l'allele homozygous di riferimento, o gli alleli variabili che differiscono dall'allele di riferimento ad un luogo, o da un allele variabile che differisce dall'allele di riferimento al luogo e ad un allele di riferimento. Le sonde nella portata stabilita della sonda il luogo e sono complementari all'allele di riferimento. Dopo che l'ibridazione l'intensità di in primo luogo ed in secondo luogo limite dell'etichetta ad ogni sonda nell'insieme sia misurata. Queste informazioni allora sono usate per indicare la presenza di un allele variabile e di un allele di riferimento, o la presenza di due alleli variabili nel campione dell'obiettivo.