A physics based model of the absorption of light by histological stains used to measure the amount of one or more stains at locations within tissue is disclosed. The subsequent analysis results in several improvements in the detection of tissue on a slide, improvements to autofocus algorithms so focusing during image acquisition is confined to tissue, improvements to image segmentation and identification of tissued and its features, improvements to the identification of stain where multiple stains are used, and improvements to the quantification of the extent of staining. The invention relates to the application of these improvements to stain detection and quantification to provide for objective comparison between tissues and closer correlation between the presentations of such features and concurrent patterns of gene or protein expression.

Um modelo baseado física do absorption da luz por manchas histological usou-se medir a quantidade de um ou mais mancha em posições dentro do tecido é divulgado. A análise subseqüente resulta em diversas melhorias na deteção do tecido em uma corrediça, melhorias aos algoritmos do autofocus assim que focalizar durante a aquisição da imagem é confinado ao tecido, melhorias à segmentação da imagem e a identificação de tissued e suas características, melhorias à identificação da mancha onde as manchas múltiplas são usadas, e melhorias à quantificação da extensão de manchar. A invenção relaciona-se à aplicação destas melhorias à deteção e à quantificação da mancha para fornecer para a comparação objetiva entre tecidos e uma correlação mais próxima entre as apresentações de tais características e testes padrões simultâneos da expressão do gene ou da proteína.