Methods, compositions, kits, and apparatus are provided wherein the
aminoacyl-tRNA synthetase system is used to analyze amino acids. The
method allows very small devices for quantitative or semi-quantitative
analysis of the amino acids in samples or in sequential or complete
proteolytic digestions. The methods can be readily applied to the
detection and/or quantitation of one or more primary amino acids by using
cognate aminoacyl-tRNA synthetase and cognate tRNA. The basis of the
method is that each of the 20 synthetases and/or a tRNA specific for a
different amino acid is separated spatially or differentially labeled. The
reactions catalyzed by all 20 synthetases may be monitored simultaneously,
or nearly simultaneously, or in parallel. Each separately positioned
synthetase or tRNA will signal its cognate amino acid. The synthetase
reactions can be monitored using continuous spectroscopic assays.
Alternatively, since elongation factor Tu:GTP (EF-Tu:GTP) specifically
binds all AA-tRNAs, the aminoacylation reactions catalyzed by the
synthetases can be monitored using ligand assays. Microarrays and
microsensors for amino acid analysis are provided. Additionally, amino
acid analysis devices are integrated with protease digestions to produce
miniaturized enzymatic sequenators capable of generating either N- or
C-terminal sequence and composition data for a protein or peptide. The
possibility of parallel processing of many samples in an automated manner
is discussed.
Os métodos, as composições, os jogos, e os instrumentos são fornecidos wherein o sistema do synthetase do aminoacyl-tRNA é usado analisar aminos-ácido. O método permite dispositivos muito pequenos para a análise quantitative ou semi-quantitative dos aminos-ácido nas amostras ou em digestões proteolytic seqüenciais ou completas. Os métodos podem prontamente ser aplicados à deteção e/ou ao quantitation de um ou mais amino-ácido preliminar usando o synthetase cognate do aminoacyl-tRNA e o tRNA cognate. A base do método é que cada um dos 20 synthetases e/ou de um específico do tRNA para um amino-ácido diferente está separado spatially ou etiquetado diferencial. As reações catalyzed por todos os 20 synthetases podem ser monitoradas simultaneamente, ou quase simultaneamente, ou na paralela. Cada synthetase ou tRNA separada posicionado sinalizarão seu amino-ácido cognate. As reações do synthetase podem ser monitoradas usando assays spectroscopic contínuos. Alternativamente, desde que o fator Tu:GTP do elongation (EF-Tu:GTP) liga especificamente todo o AA-tRNAs-tRNAs, as reações do aminoacylation catalyzed pelos synthetases podem ser monitoradas usando assays do ligand. Microarrays e os microsensors para a análise do amino-ácido são fornecidos. Adicionalmente, os dispositivos da análise do amino-ácido são integrados com digestões do protease para produzir os sequenators enzymatic miniaturizados capazes de gerar a seqüência do n ou do C-terminal e os dados da composição para uma proteína ou o peptide. A possibilidade de processar paralelo de muitas amostras em uma maneira automatizada é discutida.
